なだらかなスロープで続く二階の第二展示室は、格子の障子から自然光を採り入れた明るい展示室です。
主に第二・三・四展示室は特別展に併設する企画展を催し、館蔵品を中心に展示しています。各展示室には万博パビリオンの時に製作された松本民芸家具による欅の木目美しい様々な展示ケースが並び、展示を引き立てます。